เขย่าขวดเพาะเลี้ยงอยู่ในขั้นตอนการคัดกรองสายพันธุ์และการเพาะเลี้ยง (การทดสอบนำร่อง) เงื่อนไขการเพาะเลี้ยงควรใกล้เคียงกับเงื่อนไขการเพาะเลี้ยงการผลิตการหมักมากที่สุด ปริมาณงานมีขนาดใหญ่ ใช้เวลานาน การดำเนินการที่ซับซ้อนปัจจัยที่ส่งผลต่อประสิทธิภาพสูงของการเพาะขวดแบบเขย่า ได้แก่ อุณหภูมิการเพาะเลี้ยง ความกว้างของการเขย่าของเชคเกอร์ ปริมาณของขวดเขย่า ค่า pH ของอาหารเลี้ยงเชื้อ ความหนืดของตัวกลาง เป็นต้น อุณหภูมิในการเพาะเลี้ยง: อุณหภูมิการเจริญเติบโตของไมซีเลียม เชื้อราที่กินได้ต่างกันก็แตกต่างกัน อุณหภูมิการเจริญเติบโตที่เหมาะสมส่วนใหญ่อยู่ระหว่าง 22 ℃ ถึง 30 ℃ หากอุณหภูมิในการเพาะเลี้ยงต่ำเกินไป การเจริญเติบโตของไมซีเลียมจะช้าเมื่ออุณหภูมิสูงเกินไป เม็ดไมซีเลียมจะหลวมและเบาบาง และความมีชีวิตชีวาและคุณภาพของเม็ดไมซีเลียมก็ลดลง

ความถี่ในการเขย่าและการโหลดขวดเขย่าที่มีประสิทธิภาพสูง: เชื้อราที่กินได้นั้นเป็นเชื้อราแบบแอโรบิก การเพาะเลี้ยงของเหลว โดยส่วนใหญ่เกิดจากการดูดซับออกซิเจนที่ละลายในอาหารเลี้ยงเชื้อออกซิเจนที่ละลายในอาหารเลี้ยงเชื้อส่วนใหญ่ได้รับผลกระทบจากความหนืดของอาหาร ปริมาณของเหลวในภาชนะ ความถี่ของการสั่น และปัจจัยอื่นๆความถี่ในการเขย่ามีขนาดใหญ่ ขวดเขย่ามีขนาดเล็ก ความเข้มข้นของตัวกลางขึ้นอยู่กับ ออกซิเจนที่ละลายในน้ำของตัวกลางจะสูง และในทางกลับกัน ก็ต่ำโดยปกติความเร็วของเครื่องปั่นแบบหมุนคือ 180-220 RPM / นาที แบบลูกสูบคือ 80-120 RPM / นาที แอมพลิจูด 6-7 ซม.

ค่า pH ของอาหารเลี้ยงเชื้อ: ค่า pH ของอาหารเลี้ยงเชื้อส่งผลโดยตรงต่อการดูดซึมสารอาหาร กิจกรรมของเอนไซม์ และการเจริญเติบโตของเม็ดไมซีเลียมต้องปรับ pH เฉพาะก่อนฆ่าเชื้อ เห็ดที่กินได้ส่วนใหญ่มีค่า pH 2.0-6.0เพื่อป้องกันการเปลี่ยนแปลงอย่างมากของค่า PH ในอาหารเลี้ยงเชื้อ จึงมักเติมแคลเซียมคาร์บอเนต ฟอสเฟต และสารบัฟเฟอร์อื่นๆ ลงในอาหารเลี้ยงเชื้อ

ความหนืดปานกลาง: ความหนืดปานกลางส่งผลโดยตรงต่อปริมาณออกซิเจนที่ละลายในนั้น และยังส่งผลต่อการก่อตัวของเม็ดไมซีเลียมด้วยผลการวิจัยพบว่าเมื่อความหนืดของอาหารเลี้ยงเชื้อเพิ่มขึ้น เส้นผ่านศูนย์กลางของเม็ดไมซีเลียมก็ลดลง จำนวนเพิ่มขึ้น และผลผลิตก็เพิ่มขึ้นดังนั้น ตามข้อกำหนดของสายพันธุ์ของเหลวบนเส้นผ่านศูนย์กลางของเม็ดไมซีเลียม ควรกำหนดค่าอาหารเลี้ยงเชื้อที่มีความหนืดที่แน่นอนการเพาะเลี้ยงเซลล์เป็นงานที่เข้มงวด โดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อจำเป็นต้องเพาะเลี้ยงโดยใช้เชคเกอร์ เช่น เชคเกอร์ที่มีประสิทธิภาพสูง ก็ควรพิจารณาให้ครอบคลุมมากขึ้น เพื่อให้มั่นใจว่าการเพาะเลี้ยงเซลล์จะดำเนินไปอย่างราบรื่น